I am trying to sum my data per Meter, then average out the sumCover by Transect. My issue is that when I mean the transects, at the meter points where the cover data was taken if no native species were recorded, then that transect is effectively dropped from the dataframe after the ddply function. I have tried using the .drop function, but the issue is each site has unequal transect sampling because it was scaled to site size, so it effectively adds transects to every site. What I need to figure out to do is how to fill in within a list of numbers for missing Transect while taking into account each site varies from 3 to 16 transects - EDIT - the data preview seem to of got cut off and does not have sufficient rows so here is a file:
Here is a downloadable link of the data csv
read.csv()
require(ddply)
NativeNonnativeCoverperMeter <- ddply(RestoredGrasslandSurveys, c("Site","Transect","Locality","Meter"), summarise,
sumCover = sum(Cover))
NativeNonnativeCoverperTransect <- ddply(NativeNonnativeCoverperMeter, c("Site","Transect","Locality"), summarise,
avgCover = mean(sumCover), .drop = F)
dput(RestoredGrasslandSurveys[1:10, ])
structure(list(Site = structure(c(10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L,
10L, 10L, 10L, 10L), .Label = c("AzevedoNorth", "AzevedoSouth",
"Big.Banana", "BlohmRanch", "CypressGrove", "Diablo.Canyon",
"Dipsea.Moors", "Elkhorn.Nursery", "Elkhorn.Owl", "ElkhornHotwire",
"FacultyHousing", "Glass.Beach", "Hanson.ESHA", "Hanson.Uplands",
"Hawk.Hill", "LightHouse", "Modoc", "MooreCreek", "Morning.Sun",
"Noyo.Headlands", "Paradise.Ridge", "Prosper.Ridge", "RussianRidge",
"Stinson.Gulch", "Tennessee.Valley", "Watsonville.Uplands", "YoungerLagoon"
), class = "factor"), County = structure(c(4L, 4L, 4L, 4L, 4L,
4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("Humboldt", "Marin", "Mendocino",
"Monterery", "Monterey", "San.Luis.Obispo", "SanMateo", "Santa.Barbara",
"SantaCruz", "Sonoma"), class = "factor"), Transect = c(3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), Meter = c(0L, 5L, 10L, 15L,
20L, 25L, 30L, 35L, 40L, 45L), Lifeform = structure(c(4L, 4L,
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("AnnualForb", "AnnualGrass",
"Fern", "Groundcover", "Horsetail", "Nfixer", "PerennialForb",
"PerennialGrass", "PerrenialForb", "Rush", "Sedge", "Shrub",
"Tree"), class = "factor"), Locality = structure(c(1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Groundcover", "Native",
"Nonnative"), class = "factor"), Species = structure(c(265L,
265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 265L), .Label = c("Achillea.millefolium",
"Acmispon.glaber", "Acmispon.maritimus", "Acmispon.parviflorus",
"Acmispon.strigosus", "Agropyron.cristatum", "Aira.caryophyllea",
"Aira.elegans", "Aira.praecox", "Amsinckia.menziesii", "Anaphalis.margaritacea",
"Angelica.hendersonii", "Anthoxanthum.odoratum", "Anthriscus.caucalis",
"Artemisia.californica", "Asclepias.fascicularis", "Atriplex.semibucatta",
"Avena.barbata", "Avena.Barbata", "Avena.fatua", "Baccharis. pilularis",
"Baccharis.pilularis", "Bareground", "Bellis.perennis", "Berberis.pinnata",
"Brachypodium.distachyon", "Brassica.nigra", "Brassica.rapa",
"Brassica.tournefortii", "Briza.maxima", "Briza.minor", "Bromus.carinatus",
"Bromus.catharticus", "Bromus.diandrus", "Bromus.hordeaceous",
"Bromus.madritensis", "Bromus.maritimus", "Bromus.tectorum",
"Calamagrostis.nutkaensis", "Calandrinia.menziesii", "Calendula.arvensis",
"Calystegia.collina", "Calystegia.purpurata", "Cardamine.oligiosperma",
"Carduus.pycnocephalus", "carex.athrostachya", "Carex.gynodynama",
"Carex.lasiocarpa", "Carex.Praegracilis", "Carex.spp", "Carex.suberecta",
"Carex.tomentosa", "Carex.tumulicola", "Carpobrotus.edulis",
"Castilleja.affinis", "Castilleja.densiflora", "Cerastium.fontanum",
"Cerastium.glomeratum", "Chlorogalum.pomeridianum", "Cirsium.brevistylum",
"Cirsium.vulgare", "Clarkia.purpurea", "Clarkia.spp", "Claytonia.perfoliata",
"Clinopodium.douglasii", "Conium.maculatum", "Convolvulus.arvensis",
"Corethrogyne.filaginifolia", "Cortaderia.jubata", "Cotula.coronopifolia",
"Crassula.connata", "Crepis.vesicaria", "Croton.setigerus", "Cynodon.dactylon",
"Cynosurus.echinatus", "Cyperus.eragrostis", "Danthonia.californica",
"Daucus.pusillus", "Deschampsia.cespitosa", "Dichelostemma.capitatum",
"Dichondra.donelliana", "Dichondra.Donelliana", "Dichondra.micrantha",
"Distichlis.spicata", "Dudleya.cymosa", "Dudleya.farinosa", "Dysphania.ambrosioides",
"Ehrharta.erecta", "Elymus.condensatus", "Elymus.glaucus", "Elymus.triticoides",
"Elymus.vancouverensis", "Epilobium.brachycarpum", "Epilobium.cilatum",
"Equisetum.arvense", "Erigeron.canadensis", "Erigeron.glaucus",
"Erigeron.sumatrensis", "Eriogonum.latifolium", "Eriogonum.parvifolium",
"Eriophyllum.staechadifolium", "Erodium.botrys", "Erodium.cicutarium",
"Erodium.moscatum", "Eschscholzia.californica", "Eucalyptus.globulus",
"Festua.muyros", "Festuca.arundinacea", "Festuca.bromioides",
"Festuca.californica", "Festuca.idahoensis", "Festuca.microstachys",
"Festuca.muyros", "Festuca.perennis", "Festuca.pratensis", "Festuca.rubra",
"Foeniculum.vulgare", "Fragaria.vesca", "Frangula.californica",
"Fritillaria.affinis", "Galium.aparine", "Galium.divaricatum",
"Galium.porrigens", "Gamochaeta.ustulata", "Genista.monspessulana",
"Geranium.dissectum", "Geranium.molle", "Gilia.capitata", "Gnaphalium.palustre",
"Grindelia.latifolia", "Grindelia.stricta", "Helminthotheca.echioides",
"Hemiparasitic.ericaceae", "Heracleum.lanatum", "Heterotheca.grandiflora",
"Heterotheca.sessiliflora", "Hirschfieldia.incana", "Holcus.lanatus",
"Hordeum.brachyantherum", "Hordeum.marinum", "Hordeum.murinum",
"Horkelia.californica", "Hosackia.gracilis", "Hypochaeris.spp",
"Iris.douglasiana", "Iris.macrosiphon", "Juncus.bufonis", "Juncus.effusus",
"Juncus.mexicanus", "Juncus.occidentalis", "Juncus.patens", "Juncus.phaeocephalus",
"Koeleria.macrantha", "Lactuca.serriola", "Lasthenia.californica",
"Lathyrus.vestitus", "Leontodon.taraxacoides", "Lichen", "Linum.bienne",
"Logfia.gallica", "Lomatium.dasycarpum", "Lomatium.utriculatum",
"Lonicera.hispidula", "Lotus.corniculatus", "Lotus.micranthus",
"Lupinus.arboreus", "Lupinus.bicolor", "Lupinus.littoralis",
"Lupinus.nanus", "Lupinus.variicolor", "Luzula.comosa", "Luzula.subsessilis",
"Lysimachia.arvensis", "Lythrum.hyssopifolia", "Madia.exigua",
"Madia.gracilis", "Madia.madioides", "Madia.spp", "Malva.parviflora",
"Marah.fabaceus", "Matricaria.discoides", "Medicago.polymorpha",
"Melica.californica", "Melica.imperfecta", "Melica.torreyana",
"Melilotus.indicus", "Melilotus.officinalis", "Modiola.caroliniana",
"Moss", "Mulch", "Mushroom.cover", "Myosotis.discolor", "Oxalis.corniculata",
"Oxalis.pes-caprae", "Parentucellia.latifolia", "Parentucellia.viscosa",
"Paronychia.franciscana", "Pennisetum.clandestinum", "Perideridia.kelloggii",
"Phacelia.californica", "Phacelia.malvifolia", "Phalaris.aquatica",
"Pholistoma.auritum", "Plagiobothyrs.nothofulvus", "Plantago.coronopus",
"Plantago.erecta", "Plantago.lanceolata", "Poa.annua", "Poa.pratensis",
"Polygonum.arenastrum", "Polygonum.aviculare", "Polypodium.califomicum",
"Polypodium.californicum", "Polypogon.monspeliensis", "Polystichum.munitum",
"Prunella.vulgaris", "Pseudognaphalium.beneolens", "Pseudognaphalium.bioletti",
"Pseudognaphalium.californicum", "Pseudognaphalium.canescens",
"Pseudognaphalium.luteoalbum", "Pseudognaphalium.ramosissimum",
"Pseudotsuga.meziesii", "Pteridium.aquilinum", "Quercus.agrifolia",
"Ranunculus.californicus", "Ranunculus.occidentalis", "Raphanus.sativus",
"Raphanus.spp", "Rock", "Rubus.armeniacus", "Rubus.ursinus",
"Rumex.acetosella", "Rumex.crispus", "Rumex.Crispus", "Rumex.transitorius",
"Salix.lasiolepis", "Sanicula.arctopoides", "Sanicula.bipinnatifida",
"Sanicula.crassicaulis", "Scandix.peten-veneris", "Senecio.vulgare",
"Sherardia.arvensis", "Sidalcea.malviflora", "Silene.gallica",
"Sisyrinchium.bellum", "Solanum.americanum", "Solidago.velutina",
"Soliva.sessilis", "Sonchus.asper", "Sonchus.oleraceus", "Spergula.arvensis",
"Stachys.ajugoides", "Stachys.bullata", "Stellaria.media", "Stipa.cernua",
"Stipa.lepida", "Stipa.pulchra", "Stipa.purpurata", "Symphiotrichum.chilensis",
"Taraxia.ovata", "Tauschia.hartwegii", "Thatch.cover", "Thatch.Cover",
"Thatch.Depth", "Thysanocarpus.laciniatus", "Toxicodendron.diversilobum",
"Toxicoscordion.fremontii", "Tragopogon.porrifolius", "Tribulus.terrestris",
"Trifolium.angustifolium", "Trifolium.barbigerum", "Trifolium.bifidum",
"Trifolium.depauperatum", "Trifolium.dubium", "Trifolium.glomeratum",
"Trifolium.hirtum", "Trifolium.hybridum", "Trifolium.macraei",
"Trifolium.microcephalum", "Trifolium.repens", "Trifolium.subterraneum",
"Trifolium.variegatum", "Trifolium.willdenovii", "Triphysaria.pusilla",
"Triphysaria.versicolor", "Trisetum.canescens", "Vaccinium.ovatum",
"Veronica.persica", "Vicia.americana", "Vicia.benghalensis",
"Vicia.sativa", "Vicia.tetrasperma", "Vicia.villosa", "Viola.adunca",
"Viola.pedunculata", "Wyethia.angustifolia", "Wyethia.glabra"
), class = "factor"), Cover = c(1, 1, 0.5, 0.5, 0.5, 8, 2, 2,
5, 1)), row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame")
