I was trying to install scikit-learn. And recieved some errors, see below.
Now I can't do anything on conda. I tried > conda list > conda update and for each of them recieved the same error message. Posted second.
conda install -c anaconda scikit-learn
WARNING: The conda.compat module is deprecated and will be removed in a future release.
Collecting package metadata: done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.6.11
latest version: 4.9.0
Please update conda by running
$ conda update -n base conda
## Package Plan ##
environment location: /Users/alisonwaller/miniconda3
added / updated specs:
- scikit-learn
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
blas-1.0 | mkl 5 KB anaconda
cffi-1.14.0 | py36hb5b8e2f_0 218 KB anaconda
cryptography-3.3 | py36hbcfaee0_0 613 KB
curl-7.71.1 | hb0a8c7a_1 143 KB anaconda
expat-2.2.10 | hb1e8313_2 127 KB anaconda
gdbm-1.18 | h8a0c380_2 131 KB conda-forge
htslib-1.11 | h422799e_2 1.5 MB bioconda
intel-openmp-2020.2 | 258 1.2 MB anaconda
joblib-0.17.0 | py_0 205 KB anaconda
krb5-1.18.2 | h75d18d8_0 1.2 MB anaconda
libblas-3.9.0 |1_h508aa58_netlib 194 KB conda-forge
libcblas-3.9.0 |5_h0661a58_netlib 49 KB conda-forge
libcurl-7.71.1 | h8a08a2b_1 304 KB anaconda
libffi-3.2.1 | h0a44026_1007 46 KB anaconda
liblapack-3.9.0 |5_h0661a58_netlib 2.8 MB conda-forge
libnghttp2-1.41.0 | h7580e61_2 862 KB anaconda
libopenblas-0.3.3 | hdc02c5d_3 8.4 MB anaconda
llvm-openmp-8.0.1 | h770b8ee_0 253 KB conda-forge
mkl-2019.4 | 233 155.2 MB anaconda
mkl-service-2.3.0 | py36hfbe908c_0 188 KB anaconda
mkl_fft-1.2.0 | py36hc64f4ea_0 162 KB anaconda
mkl_random-1.1.1 | py36h959d312_0 334 KB anaconda
numpy-1.19.1 | py36h3b9f5b6_0 20 KB anaconda
numpy-base-1.19.1 | py36hcfb5961_0 5.1 MB anaconda
openssl-1.1.1h | haf1e3a3_0 3.4 MB anaconda
pypy3.6-7.3.2 | h9f31681_2 26.0 MB conda-forge
python-3.6.9 | 3_73_pypy 5 KB conda-forge
python_abi-3.6 | 2_pypy36_pp73 4 KB conda-forge
scikit-learn-0.22.1 | py36h27c97d8_0 6.3 MB anaconda
scipy-1.2.0 | py36h1410ff5_0 15.8 MB anaconda
------------------------------------------------------------
Total: 230.7 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
blas anaconda/osx-64::blas-1.0-mkl
curl anaconda/osx-64::curl-7.71.1-hb0a8c7a_1
expat anaconda/osx-64::expat-2.2.10-hb1e8313_2
gdbm conda-forge/osx-64::gdbm-1.18-h8a0c380_2
intel-openmp anaconda/osx-64::intel-openmp-2020.2-258
joblib anaconda/noarch::joblib-0.17.0-py_0
mkl anaconda/osx-64::mkl-2019.4-233
mkl-service anaconda/osx-64::mkl-service-2.3.0-py36hfbe908c_0
mkl_fft anaconda/osx-64::mkl_fft-1.2.0-py36hc64f4ea_0
mkl_random anaconda/osx-64::mkl_random-1.1.1-py36h959d312_0
numpy-base anaconda/osx-64::numpy-base-1.19.1-py36hcfb5961_0
pypy3.6 conda-forge/osx-64::pypy3.6-7.3.2-h9f31681_2
scikit-learn anaconda/osx-64::scikit-learn-0.22.1-py36h27c97d8_0
scipy anaconda/osx-64::scipy-1.2.0-py36h1410ff5_0
The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:
cffi pkgs/main::cffi-1.14.6-py36h2125817_0 --> anaconda::cffi-1.14.0-py36hb5b8e2f_0
cryptography conda-forge::cryptography-35.0.0-py36~ --> pkgs/main::cryptography-3.3-py36hbcfaee0_0
krb5 pkgs/main::krb5-1.19.2-hcd88c3b_0 --> anaconda::krb5-1.18.2-h75d18d8_0
libcurl pkgs/main::libcurl-7.80.0-h6dfd666_0 --> anaconda::libcurl-7.71.1-h8a08a2b_1
libffi pkgs/main::libffi-3.3-hb1e8313_2 --> anaconda::libffi-3.2.1-h0a44026_1007
libnghttp2 pkgs/main::libnghttp2-1.46.0-ha29bfda~ --> anaconda::libnghttp2-1.41.0-h7580e61_2
libopenblas conda-forge::libopenblas-0.3.18-openm~ --> anaconda::libopenblas-0.3.3-hdc02c5d_3
llvm-openmp pkgs/main::llvm-openmp-12.0.0-h0dcd29~ --> conda-forge::llvm-openmp-8.0.1-h770b8ee_0
numpy conda-forge::numpy-1.19.5-py36h08b5fd~ --> anaconda::numpy-1.19.1-py36h3b9f5b6_0
openssl pkgs/main::openssl-1.1.1m-hca72f7f_0 --> anaconda::openssl-1.1.1h-haf1e3a3_0
python pkgs/main::python-3.6.13-h88f2d9e_0 --> conda-forge::python-3.6.9-3_73_pypy
The following packages will be DOWNGRADED:
bcftools 1.14-hc2ba8ff_1 --> 1.8-h4da6232_3
htslib 1.14-hc38c3fb_0 --> 1.11-h422799e_2
libblas 3.9.0-13_osx64_openblas --> 3.9.0-1_h508aa58_netlib
libcblas 3.9.0-13_osx64_openblas --> 3.9.0-5_h0661a58_netlib
liblapack 3.9.0-13_osx64_openblas --> 3.9.0-5_h0661a58_netlib
python_abi 3.6-2_cp36m --> 3.6-2_pypy36_pp73
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
python_abi-3.6 | 4 KB | ############################################################################################# | 100%
curl-7.71.1 | 143 KB | ############################################################################################# | 100%
expat-2.2.10 | 127 KB | ############################################################################################# | 100%
llvm-openmp-8.0.1 | 253 KB | ############################################################################################# | 100%
krb5-1.18.2 | 1.2 MB | ############################################################################################# | 100%
libblas-3.9.0 | 194 KB | ############################################################################################# | 100%
htslib-1.11 | 1.5 MB | ############################################################################################# | 100%
gdbm-1.18 | 131 KB | ############################################################################################# | 100%
scikit-learn-0.22.1 | 6.3 MB | ############################################################################################# | 100%
pypy3.6-7.3.2 | 26.0 MB | ############################################################################################# | 100%
blas-1.0 | 5 KB | ############################################################################################# | 100%
mkl_fft-1.2.0 | 162 KB | ############################################################################################# | 100%
mkl-service-2.3.0 | 188 KB | ############################################################################################# | 100%
intel-openmp-2020.2 | 1.2 MB | ############################################################################################# | 100%
cffi-1.14.0 | 218 KB | ############################################################################################# | 100%
openssl-1.1.1h | 3.4 MB | ############################################################################################# | 100%
numpy-base-1.19.1 | 5.1 MB | ############################################################################################# | 100%
libopenblas-0.3.3 | 8.4 MB | ############################################################################################# | 100%
libcurl-7.71.1 | 304 KB | ############################################################################################# | 100%
joblib-0.17.0 | 205 KB | ############################################################################################# | 100%
cryptography-3.3 | 613 KB | ############################################################################################# | 100%
libcblas-3.9.0 | 49 KB | ############################################################################################# | 100%
numpy-1.19.1 | 20 KB | ############################################################################################# | 100%
liblapack-3.9.0 | 2.8 MB | ############################################################################################# | 100%
libnghttp2-1.41.0 | 862 KB | ############################################################################################# | 100%
scipy-1.2.0 | 15.8 MB | ############################################################################################# | 100%
libffi-3.2.1 | 46 KB | ############################################################################################# | 100%
python-3.6.9 | 5 KB | ############################################################################################# | 100%
mkl-2019.4 | 155.2 MB | ############################################################################################# | 100%
mkl_random-1.1.1 | 334 KB | ############################################################################################# | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Traceback (most recent call last):
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/cli/main.py", line 137, in main
from ..activate import main as activator_main
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/activate.py", line 21, in <module>
from .base.context import ROOT_ENV_NAME, context, locate_prefix_by_name
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/base/context.py", line 15, in <module>
from .constants import (APP_NAME, ChannelPriority, DEFAULTS_CHANNEL_NAME,
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/base/constants.py", line 23, in <module>
machine_bits = 8 * tuple.__itemsize__
AttributeError: type object 'tuple' has no attribute '__itemsize__'
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/bin/conda", line 13, in <module>
sys.exit(main())
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/cli/main.py", line 146, in main
from ..exceptions import ExceptionHandler
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/exceptions.py", line 22, in <module>
from .base.constants import COMPATIBLE_SHELLS, PathConflict, SafetyChecks
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/base/constants.py", line 23, in <module>
machine_bits = 8 * tuple.__itemsize__
AttributeError: type object 'tuple' has no attribute '__itemsize__'
Now here is the error I get when I try conda list or conda update. I have read through what I thought were similar post but many of them were resolved through some sort of updating or installing new versions of specific libraries, but I can't seem to do anything with conda now.
Any help appreciated
conda update --all
Traceback (most recent call last):
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/bin/conda", line 13, in <module>
sys.exit(main())
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/cli/main.py", line 149, in main
from ..exceptions import conda_exception_handler
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/exceptions.py", line 22, in <module>
from .base.constants import COMPATIBLE_SHELLS, PathConflict, SafetyChecks
File "/Users/alisonwaller/miniconda3/site-packages/conda/base/constants.py", line 23, in <module>
machine_bits = 8 * tuple.__itemsize__
AttributeError: type object 'tuple' has no attribute '__itemsize__'
