adehabitat KUD loop setting grid and extent

Question

I'm calculating KUD and kernal area using the adehabitat package. I'm doing this for individual animals in my dataset, and as such I'm running a loop which calculates the KUD for each animal in a predefined list.

However, at the end of the loop I get warnings like this

Warning message:
In kernel.area(j, percent, unin, unout) :
  The grid is too small to allow the estimation of home-range
for the following value of percent: 50,95. You should rerun kernelUD with a larger extent parameter.

My code for calculating the KUD and area in the loop is below

GRS_coa <- COA(tagdata = GRS_DAT, id="Transmitter.Name", timestep= 60)
  
  coordinates(GRS_coa) <- c("Longitude.coa", "Latitude.coa")
  proj4string(GRS_coa) <- CRS("+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0")
  
GRS_GDA <- spTransform(GRS_coa, CRSobj = CRS('+proj=utm +zone=42 +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0'))

GRS_KUD <- kernelUD(GRS_GDA[,"Transmitter.Name"], h="href", grid=500, extent = 5) # grid value indicates output resolution
  
KUD_DAT <- as.data.frame(kernel.area(GRS_KUD, percent=c(50, 95), unin="m", unout="km2"))

I know why I get the warnings, the grid I'm defining, for some of the animals, is too small, and as such, the vertices are outside the grid, as desribed well here.

I have the 'grid' and 'extent' arguments preset. Because I'm working with different animals, the correct grid and extent arguments will vary. Is there any way of calculating what these should be from my data and using those values for the 'grid' and 'extent' terms, rather than using preset values?

An example of the dataset I use for one animal is below should that be required.

structure(list(Date.and.Time = structure(c(1388557740, 1388558040, 
1388558160, 1388558340, 1388558520, 1388558640, 1388558820, 1388559240, 
1388631420, 1388648220, 1388648280, 1388648520, 1388648700, 1388728560, 
1388737020, 1388823720, 1388893140, 1388893380, 1388981640, 1388983140, 
1388983320, 1388983440, 1388983560, 1388983680, 1388983800, 1388983980, 
1388984400, 1388984520, 1388984700, 1388984880, 1388985480, 1389068220, 
1389068400, 1389068640, 1389068820, 1389071400, 1389071580, 1389071700, 
1389071940, 1389075600, 1389075720, 1389075840, 1389075960, 1389076080, 
1389076440, 1389076560, 1389076680, 1389076860, 1389077040, 1389077220, 
1389077580, 1389077820, 1389077940, 1389155640, 1389264720, 1389264900, 
1389265020, 1389337380, 1389430020, 1389496080, 1389496200, 1389496320, 
1389496440, 1389496560, 1389496680, 1389511920, 1389548280, 1389553080, 
1389558120, 1389558240, 1389558360, 1389558540, 1389567840, 1389568080, 
1389568320, 1389568560, 1389568680, 1389679500, 1389679740, 1389680220, 
1389695580, 1389695820, 1389778860, 1389781500, 1389781620, 1389782100, 
1389782400, 1389783300, 1389783540, 1389784980, 1389785460, 1389785700, 
1389786120, 1389787320, 1389788340, 1389858660, 1389860280, 1389861780, 
1389923880, 1390032720, 1390038900, 1390039140, 1390039260, 1390126380, 
1390126500, 1390194420, 1390353360, 1390353540, 1390353780, 1390353900, 
1390376820, 1390377060, 1390377180, 1390433700, 1390433880, 1390440480, 
1390479780, 1390543800, 1390544340, 1390544700, 1390544880, 1390602600, 
1390638000, 1390730460, 1390730700, 1390800600, 1390801020, 1390809660, 
1390883160, 1390883340, 1390883520, 1390883700, 1390985640, 1390985820, 
1390985940, 1390986060, 1391073120, 1391145420, 1391146200, 1391146380, 
1391146500, 1391146620), class = c("POSIXct", "POSIXt"), tzone = "UTC"), 
    Latitude = c(-5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.25671666666667, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.25671666666667, -5.25671666666667, -5.25671666666667, 
    -5.25671666666667, -5.25671666666667, -5.25671666666667, 
    -5.25671666666667, -5.25671666666667, -5.25671666666667, 
    -5.25671666666667, -5.25671666666667, -5.25671666666667, 
    -5.25671666666667, -5.25671666666667, -5.25671666666667, 
    -5.25671666666667, -5.2662, -5.25671666666667, -5.25671666666667, 
    -5.25671666666667, -5.25671666666667, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.25671666666667, -5.25671666666667, 
    -5.25671666666667, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, -5.2662, 
    -5.2662, -5.2662, -5.2662), Longitude = c(71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6546833333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 
    71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 
    71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 
    71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 
    71.6546833333333, 71.6748333333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 
    71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 71.6546833333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 71.6748333333333, 
    71.6748333333333), Sensor.Unit = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA), Sensor.Value = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), Transmitter = c(NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA), Transmitter.Name = c("Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark"), 
    Transmitter.Serial = structure(c(4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L), levels = c("2390", "13573", "13574", "13575", "13576", 
    "19318", "19319", "19321", "19322", "19506", "19514", "19519", 
    "19520", "19524", "25537", "25540", "25541", "25543", "25546", 
    "25549", "25552", "25553", "27583", "27585", "27586", "27591", 
    "27592", "27593", "27594", "27595", "27596", "27597", "27600", 
    "27601", "27605", "27607", "27608", "27613", "27614", "27617", 
    "27619", "27620", "27621", "27626", "27627", "27629", "27630", 
    "27631", "27632", "28608", "28611", "28612", "28618", "28625", 
    "28628", "28629", "28631", "28632", "28633", "28638", "28641", 
    "28644", "28662", "28672", "28674", "52978", "54815", "54846", 
    "54852", "54860", "54863", "54865", "54866", "54868", "54877", 
    "54882", "54883", "54884", "54886", "54890", "54892", "54895", 
    "54896", "54901", "54904", "54914", "54919", "54920", "54922", 
    "54925", "54931", "54932", "54938", "54952", "54954", "54955", 
    "54958", "54959", "54962", "59950", "59953", "59954", "59955", 
    "59957", "59958", "59959", "59960", "59961", "59962", "59964", 
    "59966", "59969", "59970", "59971", "59972", "59973", "59975", 
    "59976", "59979", "59981", "59988"), class = "factor"), id = c("Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", 
    "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark", "Grey Reef Shark")), row.names = c(NA, 
-142L), class = "data.frame")

adehabitat KUD loop setting grid and extent

0 Answers0